A versão japonesa original foi lançado nos cinemas em 17 de Julho de 2004 e a versão americana foi originalmente lançada em 2005. A história desse filme é mais longa pelo caso de não existir o Mini-Filme para ele.
O filme começa com o narrador falando sobre os Pokémon. São mostrados vários Pokémon na terra, na água e no ar. O narrado então nos apresenta Ash Ketchum, da cidade de Pallet.
Um cometa aparece no espaço. Em uma zona polar, vários Sealeos, Spheals e Walreins aparecem. De longe um professor chamado Lund e sua assistente Yuko olham o pequeno garoto chamado de Tory se aproximar dos Pokémon. Ele começa a brincar com um Spheal, e ao olhar para o céu, fica impressionado com uma linda Aurora. Numa camada mais acima do céu, Rayquaza observa o cometa vindo. Ele quase é atingido e então fica com muita raiva. O cometa cai em uma região próxima aos Pokémon e Tory, assustando todos. O pedaço de gelo onde Tory estava observando os Pokémon se quebra e ele cai no meio deles. Professor Lund então aparece e o salva. No local onde o meteoro caiu, uma luz começa a se espalhar e então um Pokémon estranho com uma luz roxa no peito aparece. Ele então começa a analisar a área com um raio. Ele acha um objeto debaixo da névoa e com um poder, faz toda a névoa se dissipar.
Transformando seus tentáculos em mãos, ele pega um pedaço do meteoro que possui um cristal verde dentro. Ele manda uma energia roxa de seu peito, que vai até o céu e desaparece. Rayquaza aparece ainda furioso, e com um raio de gelo, congela o Pokémon vindo do espaço, chamado Deoxys. Ele se livra do gelo, mas Rayquaza o atinge com um Hyper Beam, arrancando os tentáculos direitos dele. Deoxys regenera seus tentáculos perdidos, facilmente. Ele muda para a sua Forma de Ataque, e com um raio poderoso, joga Rayquaza no chão. Rayquaza tenta se levar, mas Deoxys o joga de novo no chão com uma investida. Ele continuam brigando no ar. Deoxys atinge Rayquaza com um raio, e o joga sobre uma base dos pesquisadores. Rayquaza permanece no local impossibilitado de se mexer. Deoxys se prepara para lançar um poderoso raio, mas algo o impede. Rayquaza aproveita o momento para lançar um Hyper Beam nele, mas Deoxys muda para sua Forma de Defesa e se livra do ataque. Eles continuam a batalha e acabam destruindo um navio e uma parte do acampamento dos pesquisadores. Deoxys consegue atingir Rayquaza, mandando-o para a água. Ele se aproxima da água para ver se o derrotou, mas Rayquaza na hora emerge, e o atinge com um Hyper Beam. O raio foi tão poderoso, que fez com que somente restasse de Deoxys a pedra roxa que se localizava em seu peito. A pedra cai e afunda na água.
Rayquaza vai embora. Professor Lund, sua assistente Yuko e Tory vão embora do local em um Helicóptero que carrega o pedaço do meteoro comum cristal verde. A história avança 4 anos, Tory está em um jardim enquanto Lund e Yuko suas pesquisas sobre o Cristal verde encontrado no meteoro, que não dão em nada. Lund e Yuko conseguem achar uma frequência que fica em sincronia com o cristal e com isso, eles tentam regenera-lo. Porém a energia usada para fazer isso é muito grande e acaba sobrecarregando a máquina. Eles decidem que irão continuar as análises quando consertarem a máquina. Yuko está saindo do laboratório e observa que o cristal está brilhando como ela havia dito. Longe dali, em uma área polar, o Deoxys que havia perdido para Rayquaza ressurge, e com o cristal roxo em seu peito, lança uma estranha luz no céu.
Indo em direção a Battle Tower, na cidade de LaRousse, Ash, May, Brock e Max são acompanhados pelo submarino Magikarp da equipe Rocket, que afunda ao bater em uma rocha. Em um parque da cidade, um Plusle e um Minun estão brincando em uma lata de lixo bem tecnológica. Sem querer, eles derrubam a lixeira e então um Muchlax vai desvira-la. Depois disso, ele tenta acertar um garrafa que caiu da lixeira com um chute, mas acaba errando. Ash e seus amigos chegam a LaRousse, cidade bem desenvolvida tecnologicamente, e um pequeno robô se dirige a eles para fazer o passaporte deles, objeto que precisa estar com eles enquanto andam pela cidade. Ash fica animado para ir em direção a Battle Tower, mas se atrapalha com a esteiras rolantes da cidade. Ele é ajudado pelo Blaziken de um garoto chamado Rafe, que o leva para a esteira rolante certa. Brock, May e Max então se juntam a Rafe, as irmãs Audrey e Kathryn, a Sid e a treinadora de Metagross, Rebecca, que planeja batalhar com Rafe na Battle Tower.
Quando chegam na Battle Tower, Ash e Pikachu se perdem quando vão fazer a inscrição para a batalha e vão parar em uma biblioteca. Eles pedem ajuda a Tory, que se assusta com Pikachu e sai correndo para o elevador mais próximo. Ash o segue e no elevador tenta falar com Tory. Ao para em um andar, Tory tenta correr, mas um homem os leva direto para um local onde fazem as inscrições são feitas através de um Scanner. Os dois são inscritos e vão até um campo de batalha com uma plateia lotada. É anunciado que será uma batalha em dupla: Rafe e Sid X Ash e Tory.
Rafe libera seu Blaziken e Sid seu Blastoise enquanto Ash decide que vai com o Pikachu. Tory revela que não tem nenhum Pokémon, então Ash empresta seu Torkoal a ele. Mesmo assim a situação não está resolvida, pois Tory fala que não se dar bem com Pokémon, devido ao trauma de infância com os Walreins à quatro anos. Ash decide que irá batalhar só, mas acaba sendo derrotado por um incrível ataque de Blaziken. No andar de baixo, Ash e Tory encontram os pais de Tory, que se mostram bastante orgulhosos pelo filho. Yuko conta a Ash e seus amigos sobre trauma de Tory, que segue andando triste ao lado de várias fonte e senta em um pedaço de pedra. Um Plusle corre para Tory, e tenta chamar sua atenção, mas ele se assusta com o Pokémon. Plusle então corre para uma lixeira, e mostra a Tory que seu amigo, Minun, está preso em uma lixeira, e quer que ele o ajude. Tory fica com pena do Pokémon e vai ajuda-lo. Ash, May, Brock e Max prometem para a mãe de Tory que eles irão fazê-lo perder o medo de Pokémon. Tory com um pedaço de madeira, consegue libertar Minun da lixeira. Minun vai agradecer a Tory, que sai correndo com medo. Plusle e Minun vão embora do local, deixando a lixeira virada novamente. Munchlax vai até o local, ajeita a lixeira e novamente chuta uma garrafa, dessa vez acertando-a.
Dentro de uma estufa, Tory fala para uma luz verde que ajudou um Minun. Deoxys aparece voando pela cidade. Ele vai para o alto de uma torre e libera uma luz rocha no céu, que se transforma em uma aurora de cor roxa, deixando várias pessoas impressionadas. Ash entra na estufa e pergunta a Tory com quem ele estava falando. Neste momento a luz verde desaparece, junto com a aurora criada por Deoxys. Tory tenta correr de Ash, que o persegue. A equipe Rocket aparece faminta em outra parte da cidade. Eles avistam uma máquina de hambúrguer, mas como não possui o passaporte da cidade por que entraram ilegalmente, tentam bater na máquina para conseguir a comida. Devido a isso, Guardas-robôs a atacam. Ash continua correndo atrás de Tory e em certo ponto eles começam a brigar. May aparece para acabar com a briga e Brock sugere que todos façam um almoço ao ar livre. No almoço, Brock alimenta os Pokémon selvagens que aparecem com sua ração. Tory quase comprimenta Pikachu, mas não consegue e vai embora. Quando veem, um Muchlax aparece e começa a comer a comida de Ash e seus amigos.
May tenta impedi-lo de comer, mas estranhamente ele da um enorme salto e vai embora. Plusle e Minun aparecem e comem junto de Pikachu. Em um local da cidade, Deoxys aparece em um local próximo a uma fonte e a duas escadas rolantes. Perto da fonte, alguns Murkrows voam assutados com um poder psíquico de Deoxys. Deoxys faz mais uma analise da área com seu raio e acaba fazendo com que as escadas rolantes ficassem rodando rapidamente e com que a fonte jorrasse mais água para cima do que o normal. Ele começa a voar pela cidade e novamente emite uma aurora roxa no céu, avistada por Ash e seus amigos no hotel que eles estão hospedados. Rebecca fala a eles que é impossível ver aquilo naquela região. Ash marca com Rafe outra batalha na Battle Tower. Tory aparece com uns biscoitos que ele e Yuko fizeram. Todos então liberam seus Pokémon para eles se divertirem. Jessie, James e Meowth aparecem para roubar a comida das crianças, porém Munchlax é mais rápido e vai embora com todos os sanduíches.
A aurora desaparece. Deoxys aparace fazendo outra análise do local. Em outro local na camada de ozônio, Rayquaza solta um rugido e sai voando dali. Tory fala a Ash e seus amigos que ele era muito só, pelo fato de seus amigos sempre estarem acompanhados de Pokémon. Tory quase consegue acariciar Pikachu, mas Corphish aparece, assustando-o. No dia seguinte, Tory apresenta a todos a luz verde com quem ele conversava anteriormente. Todos liberam seus Pokémon para eles conhecerem a entidade. Radares da cidade detectam a chegada de Rayquaza e Yuko vê Deoxys através de uma das câmeras da cidade. Lund temendo que os dois comecem a brigar como da última vez, pede para a policial Jenny que a cidade seja evacuada. Deoxys aparece voando pela cidade e fazendo uma análise com seu raio. A luz verde desaparece. Tory tenta sair dali utilizando seu passaporte, mas as portas não abrem.
Professor Lund vai atrás de Tory, mas por causa do grande número de pessoas saindo da cidade, ela acaba caindo na água. Uma policial Jenny aparece e o salva. A equipe Rocket aparece pela cidade e avistam o Deoxys. Ele então começa a criar cópias negras de si mesmo, para capturar as pessoas da cidade. Rayquaza aparece e ataca Deoxys, que se protege mudando para a Forma de Defesa e criando um campo de força em volta da cidade. Rayquaza tenta quebrar o campo de força, mas não consegue. Sid e seu Blastoise conseguem abrir a porta da estufa, porém os clones do Deoxys os pegam, fazendo os outros voltarem para a estufa. Tory leva os outros para uma saída de emergência, enquanto Pikachu e Blaziken destroem os clones que aparecem na entrada. Tory abre a porta usando uma senha, e rapidamente Ash, Pikachu, Rafe e Blaziken correm para chegar a ela. Quando conseguem entrar um clone segura Ash, impedindo que Brock feche a porta. Pikachu então da um choque do trovão em Ash e Deoxys, pois era o único meio de solta-lo. Eles vão até um local longe da estufa e se encontram com Yuko. Em outro lugar da cidade, Plusle, Minun e outros Pokémon selvagens tentam fugir dos clones do Deoxys. Plusle e Minun vão para um cano na beira de um rio, onde se encontram com Munchlax. Os três então, seguem caminho pelo cano.
Numa cidade próxima, Professor Lund fica sabendo através da policial Jenny, que Yuko e seu filho ainda estão em LaRousse, junto com Ash e seu amigos e várias outras pessoas. As pessoas descobrem que na cidade nenhuma Pokébola funciona. Yuko explica a Ash e seus amigos como tudo aconteceu, desde a chegada de Deoxys, até a batalha com Rayquaza. Todos escutam um barulho vindo dos dutos. Ash, Pikachu, Rafe e Blaziken vão ver o que é. Para alívio de todos, o barulho estava sendo causado pelo Plusle, Minun e Munchlax que fugiam das sombras.
Ash, Tory e Brock vão buscar água e comida para todos e Rafe, Sid e Rebecca vão salvar as pessoas e os Pokémon capturados pelas sombras de Deoxys. Plusle e Minun vendo que as gêmeas estavam preocupadas, saem correndo para o duto de onde eles vieram. Tory tenta usar seu passaporte para conseguir pegar cachorros quentes, mas o passaporte continua não pegando na cidade. Pikachu então dá um choque do trovão na maquina e ela libera a comida. Os clones aparecem para pegá-los, mas eles fogem. Plusle e Minun tentam ajudá-los, mas uma sombra captura Minun. Mais sombras chegam. Ash, Brock e Tory correm e se refugiam em um lugar onde encontram várias caixas com garrafas de água. Rafe, Sid e Rebecca conseguem descobrir para onde as sombra estão levando as pessoas e os animais. Rayquaza aparece ainda tentando quebrar o campo de força. Ash, Brock e Tory voltam ao refúgio levando água e comida. Rebecca vê um vídeo de um clone pegando a máquina de cachorro-quente, mas o descarta. Surskit percebe algo e começa a se agitar, então todos percebem a chegada dos clones ao refúgio. Yuko os leva a um laboratório subterrâneo.
Yuko revela que este era o laboratório onde estudavam Deoxys e sua regeneração e que a pedra que se encontra ali em um máquina é uma parte de Deoxys. A pedra verde começa a brilhar e a luz verde, com quem Tory falava na estufa, aparece. Rebecca analisa ela e a luz roxa liberada por Deoxys no céu, e revela que essas luzes são usadas por eles para se comunicar. Eles deduzem então, que Deoxys está procurando seu amigo. Deoxys libera outra aurora roxa, enquanto Rayquaza ainda tentar quebrar o campo de força. Tory diz que eles precisam ajudar aquele Deoxys a se regenerar, mas Yuko diz não possuem energia necessária para fazer isso. Eles então, planejam reativar as fontes de energia eólica, com a ajuda das pessoas e dos Pokémon, para ajudar Deoxys a se regenerar. Enquanto Ash e seus amigos estão indo a caminho do local Deoxys aparece. Eles dizem que não são inimigos, mas mesmo assim os clones de Deoxys os atacam. Rafe e Blaziken ficam para trás lutando contra os clones enquanto os outros seguem o caminho. Rayquaza, talvez por um distração de Deoxys lutando contra Rafe, consegue quebrar o campo de força e entrar na cidade.
Alguns clones pegam Rafe e Blaziken e outros partem para lutar contra Rayquaza. Rayquaza acaba destruindo uma parte da cidade na tentativa de vencer os clones. Rafe e Sid tentam religar a eletricidade do local para abrir a porta, mas precisam de mais eletricidade. Ash chega com Tory, Plusle e Pikachu ao local onde as pessoas e Pokémon estão. Rayquaza consegue destruir todos os clones e então vai para a batalha contra Deoxys. Pikachu e Plusle, ainda na parte debaixo, jogam eletricidade juntamente com Plusle caixa de energia, fazendo a porta do local se abrir. Plusle e Minun se reúnem novamente. A batalha entre Deoxys e Rayquaza continua pesada, com ataques poderosos. As pessoas da cidade tentam ativar as fontes eólicas com cordas e os Pokémons utilizando seus poderes. A equipe Rocket também ajuda pedalando e criando energia para os geradores de energia. Ash e Tory vão ao laboratório e junto com Yuko tentam regenerar o Deoxys do cristal verde. Tory faz as honras e liga o interruptor, liberando energia para o cristal. Yuko avisa que ainda não possuem energia suficiente, então Pikachu, Plusle e Minun conseguem preencher o restante de energia necessária.
O local onde o cristal se encontrava se quebra e um novo Deoxys, com um cristal verde no peito, aparece diante de todos. Ele libera de seu peito a mesma luz verde amiga de Tory, fazendo o laboratório todo brilhar. Ele , utilizando um poder psíquico, leva Ash, Pikachu e Tory para fora da cidade. Perto dali, Rayquaza agarra Deoxys com a cauda e o joga violentamente no chão, fazendo uma enorme cratera. O campo de foça que envolvia a cidade desaparece e a energia volta. Deoxys se recupera e começa a atacar violentamente Rayquaza, que não consegue se defender. Rayquaza cai no chão e forma outra enorme cratera. Deoxys se prepara para atacar, mas o Deoxys com o cristal verde aparece, protegendo Rayquaza. Os dois por fim se comunicam pelas auroras que eles produzem com o cristal no peito.
Rayquaza se recupera e ataca os Deoxys fazendo suas auroras desaparecerem. Os dois atacam Rayquaza, que cai no prédio onde Ash e Tory se encontram, mas segundos antes do pior acontecer, os Deoxys os salvam. Eles continuam batalhando, e em um dos ataques, acabam danificando a torre que controla os robôs da cidade. Por causa disso, o sistema de defesa da cidade é ativado. Os pequenos robôs em forma de cubo começam a forma uma enorme 'onda' de robôs pela cidade. Rayquaza é atingido pela 'avalanche' de robôs após ser derrubado pelos Deoxys, mas eles, na forma de defesa, o protege mesmo depois de tudo. Os robôs acabam, por estar em uma incrível quantidade, 'engolindo' Rayquaza e os Deoxys. Professor Lund, através de um telão, avisa a Tory que ele precisa usar seu passaporte para acessar o Robô Primário ( Robô que controla todos os outros) e assim desativar o sistema de defesa da cidade. Eles acham um robô com a forma da letra H e então decidem que irão subir na torre para poder alcança-lo.
Ash e Tory aproveitam uma máquina de cachorro-quente que veio com o mar de robôs e pulas nela para se movimentarem até a torre. Eles se aproximam da torre, mas Munchlax que estava dentro da máquina, os atrapalha. Muchlax cai da máquina e vai parar entre os robôs, mas neste momento evolui para Snorlax. Ash utiliza ele para chegar a torre. Não da tempo de Tory pular e ele acaba sendo levado com Plusle e Minun no carrinho de cachorro quente pelos robôs. Ash junto com Pikachu vai pulando de robô em robô até chegar ao robô com forma de H (Primário), mas o seu passaporte acaba caindo. Tory joga o passaporte para Ash, que não consegue pegar. Pikachu se joga, rebate o Cartão para Ash e cai sobre os robôs. Ash passa o cartão no robô e a oficial Jenny desliga o sistema de segurança. Os robôs que estavam subindo nos prédios param, formando vários montes pela cidade. O robô em que Plusle e Minun estão cai, Tory segura-os mas acaba caindo. O Deoxys do cristal verde aparece e os salvam do pior. Pikachu sai dos escombros e descobre que estava em cima da cabeça de Rayquaza, mas o Deoxys do cristal roxo o tira de lá. Deoxys do cristal verde os leva para voarem pela cidade e de cima eles veem Rayquaza ir embora. Snorlax continua dormindo entre os robôs.
Tory perde seu medo pelos Pokémon. Nos céu, duas auroras aparecem e todos se despedem dos Deoxys. A equipe Rocket continua pedalando achando que ainda precisam de energia e ficam imaginando quando devem parar.
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